Klinika Pediatrii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego (CMKP) powstała w 1976 roku z inicjatywy prof. dr hab. med. Marii Janiny Niżnikowskiej-Marks. Nową jednostkę uczelni zlokalizowano w Wojewódzkim Szpitalu Dziecięcym im. J. P. Brudzińskiego w Dziekanowie Leśnym koło Warszawy. Tam przez ponad 21 lat Klinika Pediatrii CMKP prowadziła działalność dydaktyczną i naukową oraz realizowała zadania diagnostyczno--lecznicze. W zakresie dydaktyki prowadzono podyplomowe kształcenie specjalizacyjne w dziedzinie pediatrii i doskonalenie zawodowe pediatrów. Natomiast działalność kliniczną prowadzono w oddziałach: niemowlęcym, dla dzieci starszych oraz w oddziale patologii noworodka. Zadania naukowe realizowano w oparciu o pracownie hematologiczną i immunologiczną. Badania naukowe dotyczyły chorób infekcyjnych i ich powikłań, chorób rozrostowych układu krwiotwórczego, konfliktu serologicznego, zaburzeń hemostazy, zaburzeń odporności komórkowej, chorób układu moczowego i chorób układowych tkanki łącznej.

Jesienią 1994 roku, w związku z przejściem na emeryturę Profesor M. J. Niżnikowskiej-Marks kierownikiem Kliniki został dr hab. med. Jacek Grygalewicz. Placówka kontynuowała działalność dydaktyczną, naukową i leczniczą, ale już bez własnych pracowni, które zostały zlikwidowane wcześniej przez Dyrekcję Szpitala. Mimo złego klimatu współpracy z Dyrekcją Szpitala Klinika realizowała swoje zadania w Dziekanowie Leśnym jeszcze przez 3,5 roku. Z uwagi na brak możliwości spełnienia żądań ówczesnej Dyrekcji Szpitala, która dążyła do przeniesienia kosztów diagnostyczno-leczniczej działalności Kliniki na CMKP, ówczesny Dyrektor CMKP prof. dr hab. med. Jan Doroszewski, podjął decyzję o czasowym przeniesieniu Kliniki Pediatrii CMKP do Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie. W ciągu następnych 3 lat Klinika Pediatrii CMKP kontynuowała swoją pracę w Instytucie Matki i Dziecka w Warszawie, ale bez możliwości prowadzenia działalności leczniczej.

Od połowy 2000 roku, bazę dydaktyczno-leczniczą dla Kliniki Pediatrii CMKP stanowi Kliniczny Oddział Pediatryczny Szpitala Bielańskiego im. ks. Jerzego Popiełuszki w Warszawie. Dzięki Dyrektorom Szpitala (dr n. med. Markowi Balickiemu, dr n. med. Ewie Żydowicz-Mucha, dr n. med. Dorocie Gałczyńskiej-Zych) Klinika Pediatrii bez zakłóceń działa na bazie Klinicznego Oddziału Pediatrycznego i jest uznanym przez pacjentów miejscem leczenia dzieci nie tylko z Warszawy, ale także województwa mazowieckiego. W 2006 roku została otwarta pracownia polisomnograficzna dla dzieci, gdzie diagnozowane są zaburzenia oddychania w czasie snu (obecnie prowadzona przez lek. med. Joannę Anyszka i Alicję Sapała). Do 2008 roku działał w Klinice Pododdział Reumatologiczny (dr n. med. Elżbieta Matuszewska).

Od 2007 roku, po odejściu Profesora Jacka Grygalewicza na emeryturę, Kliniką kieruje dr hab. med. Teresa Jackowska, prof. nadzw. CMKP. Klinika jest placówką ogólnopediatryczną oraz zajmuje się specjalnościami szczegółowymi jak hematologia i nefrologia dziecięca. Od 2010 roku działają poradnie hematologiczno-onkologiczna (prof. dr hab. n. med. Teresa Jackowska) oraz nefrologiczna (lek. med. Monika Karpińska, lek. med. Joanna Załęska-Ponganis).

Dzięki obecnej Dyrekcji Szpitala Bielańskiego (dr med. Dorota Gałczyńska-Zych, dr n. med. Grzegorz Michalak, prof. dr hab. n. med. Wojciech Zgliczyński) i pozyskaniu od władz miasta funduszy, po 6-miesięcznym remoncie oraz rozbudowie w dniu 15 kwietnia 2009 roku został otwarty nowoczesny oddział, który zapewnia komfort pobytu dzieciom razem z ich opiekunami w salach 1-3 osobowych.

Klinika Pediatrii CMKP (Kliniczny Oddział Pediatryczny) obecnie liczy 32 łóżka (15 dla dzieci małych i 17 dla dużych). Średni czas pobytu dziecka na oddziale zmniejszył się z 6,1 w 2007 roku do 3,8 dni w 2011 roku. Dzieci przyjmowane i wypisywane są z oddziału przez całą dobę. Zwiększyła się liczba hospitalizowanych dzieci przy tej samej bazie łóżkowej z 1730 w 2007 roku do 2686 w 2010 roku. W Izbie Przyjęć udzielanych jest ponad 3200 porad rocznie. Wykonywane są na miejscu badania echokardiograficzne (dr n. med. Mirosława Szewczykowska), ultrasonograficzne oraz elekroencefalograficzne. Na stałe zatrudnieni są psycholodzy (mgr Róża Słowikowska, mgr Marzena Pawlus). Przy Oddziale działa Zespół Szkół Specjalnych nr 93 (dyrektor Anna Prokopowicz).

W latach 2007-2010 zostały opublikowane ogółem 42 prace naukowe w czasopismach polskich (MNiSW – 187 pkt) i zagranicznych (IF – 5,911 pkt) oraz 8 rozdziałów w książkach. W klinice szkoliło się w tym okresie 18 rezydentów z pediatrii i 54 z medycyny rodzinnej.

Zainteresowanie naukowe Kliniki to wybrane choroby hematologiczne (niedokrwistość, małopłytkowość), nefrologiczne (zakażenia układu moczowego, wady nerek), infekcyjne, szczególnie te którym można zapobiegać poprzez szczepienia, zaburzenia snu u dzieci, pediatria społeczna (lek. med. Piotr Hartmann), szczepienia u dzieci zdrowych i w grupach ryzyka (prof. dr hab. n. med. Teresa Jackowska). Prowadzone są granty naukowe CMKP oraz międzynarodowe badania kliniczne.

Od 2009 roku działa aktywnie Studenckie Koło Naukowe (lek. med. Piotr Hartmann), którego studenci przedstawiają swoje prace zarówno na kongresach młodych medyków, jak i na zjazdach pdiatrycznych.

Od 2007 roku Kliniczny Oddział Pediatryczny stał się także siedzibą Oddziału Warszawskiego Polskiego Towarzystwa Pediatrycznego, za sprawą Przewodniczącej Oddziału, prof. dr hab. n. med. Teresy Jackowskiej.

W 2008 roku została utworzona Fundacja Kliniki Pediatrii (prezes lek. med. Piotr Hartmann), która po dwóch latach działalności (w lutym 2011 roku) stała się fundacją pożytku publicznego. Gromadzone fundusze przeznaczane są na doposażenie oddziału.

W 2011 roku Klinika Pediatrii CMKP kończy 35 lat, uroczystość jubileuszowa odbyła się 9 września 2011 roku.

Dr hab. med. Jacek Grygalewicz, prof. nadzw. CMKP Dr hab. med. Teresa Jackowska, prof. nadzw. CMKP